Lambang ISI Yogyakarta berbentuk kombinasi yang harmonis antara motif-motif Dewi Saraswati, Angsa dan Bunga Teratai, yang merupakan cerminan kebulatan perwujudan Tri Dharma Perguruan Tinggi, di samping merupakan kelengkapan dalam pembinaan jiwa dan motivasi bagi segenap sivitas akademika ISI Yogyakarta.
Lambang tersebut adalah hasil karya cipta dua dosen FSR, yaitu Drs. Subroto Sm. dan Drs. Parsuki.

Deskripsi Lambang

• Dewi Saraswati sebagai inti lambang adalah Dewi Ilmu Pengetahuan Seni, dan karena itu cocok sekali dengan misi ISI Yogyakarta untuk membentuk seniman yang mempunyai sikap dan kompetensi ilmiah. Sebagai Dewi yang berhubungan dengan Ilmu Pengetauan dan Seni maka Dewi Saraswati membawa di masing-masing tangannya:

  Buku/Lontar sebagai lambang perpustakaan yang merupakan sumber ilmu dan amat penting artinya bagi setiap insan yang ingin belajar atau menuntut ilmu, seperti halnya semua warga ISI Yogyakarta.

  Vina dan Mandolin yang merupakan lambang seni budaya, dalam susunan ini ditempatkan di tengah yang mengandung arti bahwa ISI Yogyakarta menempatkan seni budaya bangsa sebagai pusat inspirasi dan kegiatannya.

  Tasbih atau aksamala, melambangkan ketakterbatasan ilmu pengetahuan yang bisa dituntut manusia. ISI Yogyakarta menganut sistem pendidikan seumur hidup.

  Bunga Teratai melambangkan kesucian, suatu sifat yang didambakan oleh ISI Yogyakarta untuk menjadi pegangan bagi setiap waganya dalam segala tindakan. Bunga teratai ini digambarkan bermahkota bunga lima helai, dua dibelakang dan tiga didepan, sehingga merupakan angka "23" yang berarti tanggal hari jadi ISI Yogyakarta.

Dewi Saraswati ini dilukiskan berdiri tegak dengan wajah menatap ke depan, yang mengandung maksud setiap warga ISI Yogyakarta selalu siap dan waspada menghadapi masa depan yang sulit diramalkan.

• Angsa yang merupakan kendaraan Dewi Saraswati diartikan sebagai lambang kebijaksanaan, yang merupakan kualitas yang diharapkan dapat dimiliki oleh setiap warga ISI Yogyakarta. Pada lambang ini angsa digambarkan sebagai:

Bersayap yang masing-masing berbulu lima yang melambangkan Pancasila dan kedua sayap itu mengembang secara simetris ke kanan dan ke kiri yang maksudnya dengan azaz Pancasila warga ISI Yogyakarta berkembang terus secara imbang dan harmonis antara rohani dan jasmaninya antara ilmu dan seninya, dan antara pribadi dengan darma baktinya kepada masyarakat dan negara.

Kepalanya sedikit tengadah dan menengok ke kanan, melambangkan kehendak dari segenap sivitas akademika ISI Yogyakarta untuk selalu memihak kepada kebenaran dan kebaikan dan dengan itu memiliki sifat berani karena benar.

• Bunga Teratai besar bermahkota bunga tiga helai merupakan latar belakang Dewi Saraswati Laksana Praba yang mengitari dirinya, artinya dengan didasari oleh kesucian dan diterangi oleh keluhuran budi ISI Yogyakarta melaksanakan tugas "Tri Dharma Perguruan Tinggi"nya. Sementara itu jumlah tiga daun bunga dan empat tangan Saraswati adalah tujuh yang menggambarkan bulan Juli - bulan kelahiran ISI Yogyakarta.